苏轼在狱中，还有一个搞笑的段子。
入狱前，苏轼曾和苏迈约好，让苏迈平日送饭只送菜肉，若有不测则送鱼。
有一次，苏迈因粮食不继去陈留借粮，托一位亲戚送饭。而匆忙间，却忘记了约定。然而，这位亲戚恰好临时送了鱼，苏轼见之大惊，以为死期将至，便写了两首诀别诗，托狱卒带出交给苏辙。
这两首诗，可视为苏轼真情流露的“遗书”。
月落西沉，风动檐铃，狱中寒气凛烈，命在旦夕之中的苏轼，面对生死，不禁彻夜难眠，心中万般思绪，万端感慨。有对家人、对亲友的惦念，有对人世、对曾经任职过的杭州、湖州百姓的留恋不舍。
“故山今何有，秋雨荒篱菊。此君知健否，归扫南轩绿。”身陷囹圄之时，苏轼见窗外的榆、槐、竹、柏四种树木，有感而发，还分别作了四首诗。
据说，神宗皇帝原本就没想过要杀苏轼，直到知道了这件事后，愈发动了善念，对苏轼愈发宽释，此后凡是在面前对苏轼的罪行添油加醋的言语，一再不予理睬了。
元丰二年八月二十日，御史台对苏轼的审讯正式开始。
为了治苏轼死罪，李定诸人煞费苦心，他们全面收集了市面上通行的苏轼诗文集的各种刊本，从中找出他们认为有问题的文字，然后一条条拿来审问。
二十日的审讯中，苏轼只承认《山村五绝》有讽喻的意思，此外别无关联。
二十二日、二十四日的审讯中，苏轼依然不承认有讽喻的诗。直至三十日，苏轼“却供通自来与人有诗赋往还人数、姓名。
从拒不承认到供认“有诗赋往还”者的“人数、姓名”，苏轼“步步退守，百般无奈”。
苏轼一开始不愿招供的原因，一是这些诗有讽谏但并不等于攻击诽谤，二是不想连累亲朋好友。
然而，审讯者原就想借此机会对反对新法新政的人进行一次严厉的打击，早已向各州发出公文，收缴苏轼诗文，并差人外调取证。所谓有人证物证，苏轼也就不得不承认这些诗文中有讥讽之意。
十一月三十日，经过将近两个月的审讯，御史台将苏东坡的供状上奏朝廷。
从十二月起，“诗案”交由大理寺进行判决。
然而，为了搜集更多罪证，御史台在大理寺审判期间，依然没有停止对苏轼的审问。
大理寺后来公布的判决结果是：“当徒二年，会赦当原”。
这个只有“两年有期徒刑”的判决结果，让御史台非常不满。李定、舒亶等人纷纷进言反对大理寺的判决结果。
于是，“诗案”在御史台大臣喧哗的反对声中，交由审刑院复核。
大约从十二月起，“乌台诗案”进入了判决阶段。
陈睦的“录问”完成后，交给大理寺审判，大约十二月初，大理寺的进行了初判。
大理寺的判词，其要点概括为：“当徒二年，会赦当原。”
换言之，大理寺官员通过检法程序，判定苏轼所犯的罪应该得到“徒二年”的惩罚，但因目前朝廷发出的“赦令”，其罪应被赦免，那也就不必惩罚。
但是，御史台本意欲置苏轼于死地，御史台当然反对大理寺审判结果，大理寺的初判显然令御史台非常不满，御史中丞李定和御史舒亶反对大理寺判决的奏状。他们向皇帝要求对苏轼“特行废绝”，强调苏轼犯罪动机的险恶，谓其“所怀如此，顾可置而不诛乎”？
不过，审刑院支持大理寺审判结果。
审刑院在案件审核中起到复核作用，从相关资料所载“审刑院本”的结案判词可以看出，审刑院支持了大理寺“当徒二年，会赦当原”的判决，并进一步强调赦令的有效性。其结案判词可以被梳理为三个要点：一是定罪量刑，苏轼所犯的罪“当徒二年”；二是强调赦令对苏轼此案有效，“会赦当原”，也就是免罪；三是根据皇帝圣旨，对苏轼处以“特责”。
谁也没想到，生死关头，当时当朝居然多人为苏轼求情，宰相吴充直言，陛下以尧舜为法，薄魏武固宜，然魏武猜忌如此，犹能容祢衡，陛下不能容一苏轼何也？
王安石也劝神宗说，圣朝不宜诛名士。
但是，关键时候，一锤定音者，还是太皇太后曹氏，她把宋仁宗搬出来干预：“昔仁宗策贤良归，喜甚，曰：‘吾今又为吾子孙得太平宰相两人’，盖轼、辙也，而杀之可乎？”
十二月二十八日，审刑院作出终审判决：“原免释放”，贬官黄州。
宋神宗也下了最终的裁决圣旨：苏轼可责授检校水部员外郎，充黄州团练副使，本州安置，不得签书公事。
其他牵连此案的大小官吏，视情节严重，也都受到了不同程度的处分。
对于受到牵连亲友，苏轼是抱有深深的内疚的。比如王巩，本没有什么罪状，却因苏轼的诗文牵连，远贬宾州（今广西宾阳）。张方平、范缜、司马光等人皆因上书救之，被分别罚铜论处。